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“ 你们明白自己的使命吗？”这是叶企孙在得悉王淦昌参加学生运动差点被军警枪伤时的诘问，也是他自己不断对自己的诘问。正是这样不断诘问，才使得叶企孙对自己的使命时刻了然于心，就是要把科学的种子播撒到合适的对象，惠及华夏子孙。在实践中，他摸索到实现这一目标的最佳方式就是教授治校，广育英才，并在此找到自己心灵的归属。
早年清华隶属北洋政府，实行校长个人专权，校长多为官员政客党人，既无多少学问，更不懂管理，且校长更替频繁，严重影响了教育教学工作的正常进行。
1922年，曹云祥以改革家的面目出掌清华，接受师生建议成立“调查委员会”，后又成立由各方代表组成的“协作委员会”，此时在北大、南开、东南大学已经实行的“教授治校”也在清华教师心中点燃火种。清华教务长张彭春更以提出课程改革计划著称。1925年他又提出学校与游学分开，停招旧制留美预备生，游美学额不再为清华学生独享，而是向全国大学开放，以公开透明的方式考试、录取、选送，这一激进措施触动清华旧制学生的利益，曹云祥感到勉为其难，自然就成为保守一方，成为矛头所向，于是校中出现两种不同意见。人们隐约感到张彭春后面还站着一位隐身人，那就是张彭春的哥哥张伯苓的得意门生梅贻琦，他常去张彭春的住处久久不出。梅贻琦的后面又站着他的学生叶企孙、吴宓等“少壮派”、“新势力”的人，他们主要是由清华培养留美后先后又回到清华任教的人们。
此后几年，清华经过了一番校内政治斗争，张彭春黯然去职。但因东南大学风潮导致学校声势快速下滑的例子就在眼前，为免重蹈覆辙，1926年3月，清华自订《清华大学组织大纲》，成立教授会和评议会，进一步实行教授治校、民主管理，以安定学校秩序。教授会由各科系教授组成，教授会成员投票选举各科系主任。评议会由评议员组成，评议员由各科系推举的教授担任。这一改革的第一项成果是教务长不再由校长指派，而是由教授公选。
由于此前一系列事件，清华园里门派纷立，叶企孙在当时被人们认为是正宗的“清华派”。经历两年多的风雨，叶企孙铁定了在清华去曹（云祥）助梅（贻琦）的主张。吴宓在1927年11月8日的日记中写道：“叶企孙函招，乃往其宅中相见。叶主不助曹，而推梅为校长，以梁为董事长。姑静待之。”据可查文献，这是清华园里第一个提出推举梅贻琦为校长的。
1927年11月10日，在教授大会上，陈寅恪当面要求校长曹云祥辞职。陈寅恪和吴宓一向很少涉足行政俗务，然而在此次风潮中他们和叶企孙却颇为积极，且配合十分默契，其本意在于维持和营造一个较为理想的学术氛围。12月28日，曹云祥递交了辞呈，“少壮派”终于得胜。
叶企孙在这个过程中逐渐引起大家的关注，陈寅恪、吴宓等人说“这是一个可以担当的人”。1928年，北平被北伐胜利的国民政府控制前，外交部又先后派严鹤龄与温应星维持校务。在南京势力尚未渗透到清华的5月31日，清华召开了一次教授会，叶企孙在这次会上当选评议员，被“少壮派”推进清华最高议事圈。
由于此前清华发生过多次校长被拒事件，国民政府对派员入主清华比较谨慎，经过一番调查和听取意见后，决定由蒋介石的幕僚罗家伦出任清华校长。这位学生出身、学运起家、学者型的党人出任校长前托人打听清华内部情况，叶企孙又被推上前台，于是南京方面“通过赵元任邀叶企孙南下与罗会面，听取他的意见，在征得他的同意后才宣布罗家伦为清华大学第一任校长”。8月17日，国民政府宣布了罗家伦的任命。8月22日，清华学生会成立的校务改进委员会在教师的支持下派三人代表赴南京向罗家伦递交了《改进清华意见书》。
此时，清华少壮派在选择校长的标准上已形成几点共识：一无党派色彩，二要学术渊博，三是人格高尚，四要确能发展清华，五是声望素著。依这个标准，罗家伦并不完全符合，而作为过渡又是不错的人选。
1928年9月，罗家伦上任。11月2日，罗家伦主持教授会，选举评议员教授中的四个名额分别为叶企孙、吴之椿、金岳霖、陈岱孙。12月8日，罗家伦聘叶企孙为奖学金委员会委员，同时又聘叶企孙等7人为招考委员会委员。1929年春，清华学校正式改称清华大学，1月18日，叶企孙又被聘为学报编辑委员会委员。
实行教授治校当时遇到的最大障碍是“足迹从不履清华”的官僚政客董事会。3月18日，罗家伦赴南京向董事会报告本校校务。4月1至4日董事会在南京开会，否决了罗家伦和评议会关于发展学校的计划，引发师生取消董事会改为教育部直辖的运动。4月8日，评议会向教授会建议：“呈请国民政府取消董事会制度，实行教授治校，校长由教授推举，呈请国民政府任命之。”罗家伦曾以提出辞职与董事会抗争，学生则表示“无论国府批准与否，本校无人表示挽留”，让罗感到了一己力量之单薄，只能与学生和教授联合，对叶企孙这样在师生中已有威望的教授比较尊重。5月2日，第七次教授会议决：致电行政院及教育、外交两部，就清华直属教育部问题与该院及两部协商；请中华教育文化基金会兼管清华大学基金。会上推举叶企孙、杨振声为代表，南下与政府各部门磋商。
5月6日，叶企孙一行赴南京，罗家伦带他们去见陈果夫和陈立夫商谈清华改组问题。5月10日，国民政府行政院通过国立清华大学脱离外交部改由教育部专辖的提案。11日，叶企孙对南京记者发表谈话，阐明上述二事之原委及意义，指出“清华奉国府命令改组大学，意即要把清华从留美预备性质改为一个独立的学术机关。大学办得好，能比上外国，也就不用那种暂时性质的、不经济方法往外国送学生了。”20日，叶企孙一行完成使命返校。
1929年6月12日，教育部呈准行政院颁布了《国立清华大学组织规程》，规定清华大学设文、理、法三院共15个系，并将此前的教师会正式改为教授会和评议会的组织。教授会是全校最高权力机构，可选评议员及院长，它所作关于校政的决议，校长一般须执行。评议会是立法机构，相当于教授会的常务委员会，由校长、教务长、秘书长、各院院长及教授会选出的7名评议员（后改为9名）组成。6月29日，教育部下令取消清华大学董事会。
与董事会斗争取胜显示了教授会的力量，迫使罗家伦接受了院长由教授会产生的做法。1929年7月6日，教授会选出院长候选人后，由罗家伦聘杨振声、叶企孙、陈岱孙分别任文、理、法三院院长，萨本栋也因关心校事并才华出众被选为最年轻的评议员。罗家伦常明言“不知有所谓学校派别”、“我个人在党内不参加任何派别”，但在他任上还是倚重北大出身的教授，对梅贻琦、叶企孙尊重却未必信任，他用杨振声取代梅贻琦任教务长，用冯友兰任文学院长让清华人不免有这样的感觉。
1930年5月，校长罗家伦辞职离校。此后，清华11个月没有官方委任的校长，纯粹由教授会代表全体教授治校，叶企孙代理校务会议主席兼代理校长，主持校务。由此，教授会成为学校最高权力机关，教授治校成为既成事实。
1931年10月14日，国民政府批准了吴南轩的辞职，任命驻美学生监督梅贻琦为校长，在梅到任前，由叶企孙主持校务。
这个任命恰与叶企孙两年前的主张一致。这并非叶企孙先知先觉，也不可能靠叶企孙暗中运作，而是他依据自己内心的良知和价值，用自己的理性深思熟虑的结论，任命梅贻奇为校长不只是符合叶的意愿，也符合教授治校的方向。相关史料也证明，早在两年前，叶企孙已就此事与陈寅恪、吴宓等人达成默契。1931年11月，叶企孙致函梅贻琦，敦请速归任职。12月3日，梅贻琦返校就任校长职。
梅贻琦到任后，叶企孙鼎力支持，教授治校体制得以保持延续和发展，梅遵从了由上述过程形成的校务会议和评议会成员由教授会选举产生，成为教授会的常设机构并对其负责，教授会是学校最高权力机关的教授治校体制，并在其任内成了一套“习惯法”，初步取得合法地位。这一体制是对此前各校教授治校体制的完善和提升，不仅此后没有再出现“倒梅”的，还铸就了清华的“黄金十年”，而且一直沿用到西南联大，创中国现代大学制度的范例，叶企孙是这一制度建立当之无愧的中坚。
经历上述过程，教授会的作用日益增大，叶企孙在教授治校体制形成中的作用也日益增大，威信日益增高，成为清华的核心人物，并受到师生们的推崇。
叶企孙等人所要实现的目标就是教授治校，说白了就是严格遵循议事规则，拒绝外行人进入学校管理层，使清华免落陷阱，把不懂科学、不闻学术、不谙教育的人扫地出门，它防止了旧制度下官僚体系对大学教育的侵蚀和破坏，同时把学校的行政权作分散化处理，形成相互制衡的机制，在保障大学的民主办学、民主管理，保证学校的独立、学者和学生的思想自由，以及激发创造力方面，发挥了不可磨灭的作用。
此后，清华大学各项学科建设飞速发展。叶企孙执掌的清华物理系和清华理学院更是如此，为中国培育出数以千计的理科人才。中国众多知名科学家、院士、专家和学者都出自原清华大学理学院，直至1952年清华理学院各系被调整到外校，叶企孙也离开清华，这段辉煌才暂告段落。（作者系中国教育科学研究院研究员，本文摘编自作者著《叶企孙画传》第三章“教授治校广育英才”）